Мотивы в белке DPO3E_ECOLI, описанные в БД Prosite

На главную страницу семестра

В данном задании мы искали в последоательности моего белка все мотивы, которые описаны в PROSITE. К сожалению, специфических мотивов найдено не было, поэтому ниже приводится таблица только для неспецифических мотивов:

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site (цАМФ - и цГМП зависимый сайт фосфорилирования протеинкиназы )	паттерн	[RK](2) - x - [ST	неспецифична	2
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Casein kinase II phosphorylation site (сайт фосфорилирования киназы казаеина)	паттерн	[ST] - x(2) - [DE]	неспецифична	2
PS00003	SULFATION	Tyrosine sulfation site (сайт сульфатирования тирозина)	паттерн	vadefmdYirgaelv	неспецифична	1
PS00009	AMIDATION	Amidation site (сайт амидирования)	паттерн	x - G - [RK] - [RK]	неспецифична	1
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Protein kinase C phosphorylation site (сайт фосфорилирования протеинкиназы C)	паттерн	ST] - x - [RK]	неспецифична	1
PS00008	MYRISTYL	N-myristoylation site (сайт N-миристоилирования)	паттерн	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}	неспецифична	1

Результаты:

В этом задании мы хотели в последовательности моего белка найти такие участки (относително короткие), которые отвечали бы за какие-либо его функции. Эти участки прямо или косвенно влияли бы на пространственную структуру белка, обеспечивали бы его связь с субстратом и т. д. К сожалению, специфичных таких последовательностей найдено не было. Такие последовательности должны были бы быть специфичны для семейства ДНК-полимераз III (а соответственно для выполняемой ими функйиями). Отсутствике их можно объяснить тем, что белки, выполняющие данную функцию, в большинстве своем значительно различаются по структуре. Возможно также, что мой белок и вообще данное семейство еще не полностью изучено (в данном случае, мотивы для них еще не рассмотрены).
Неспецифические мотивы свойственны для многих последовательностей белков и не являются характеристикой их в полной мере, они не специфичны для семейств, соответственно не влияют на выполняемую ими функцию. Эти мотивы могут показывать, какие дополнительные функции может выполнять этот белок (даже необязательно, что он будет ее выполнять), а так же такие функции, которые сопутствуют выполнению главной функции В нашем случае мы можем заметить большое количество сайтов фосфорилирование, что возможно важно.